在分公司工作时，劳动关系的处理主要涉及与总公司及分公司之间的合同关系、责任承担以及可能的法律纠纷解决方式。以下是对这一问题的详细解答：
一、劳动关系的建立
合同签订：
- 通常情况下，劳动者可能与总公司签订劳动合同，然后被派遣到分公司工作。这种情况下，劳动合同中应明确工作地点、工作内容、劳动合同期限等关键条款。
- 也有可能直接与分公司签订劳动合同，但这取决于分公司的法律地位和是否具备独立用工的资格。一般来说，分公司如果依法设立并领取了营业执照，那么它有可能直接与劳动者签订劳动合同。
社保缴纳：
- 无论与总公司还是分公司签订劳动合同，社保的缴纳都应按照国家规定进行。通常，社保关系会跟随劳动合同关系走，即与谁签订劳动合同，就由谁负责缴纳社保。
二、责任承担
工资支付：
- 工资应由与劳动者建立劳动关系的用人单位支付。如果与总公司签订合同但在分公司工作，工资可能由总公司支付，也可能由分公司代发，具体取决于合同中的约定。
赔偿责任：
- 在发生劳动争议或解雇等情况时，赔偿责任应由与劳动者建立劳动关系的用人单位承担。如果分公司是实际用工单位且具备独立承担民事责任的能力，那么它可能与总公司共同承担赔偿责任。
三、法律纠纷解决
协商与调解：
- 发生劳动争议时，首先可以尝试与用人单位进行协商或寻求调解组织的帮助。
仲裁与诉讼：
- 如果协商或调解不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、特别注意事项
分公司法律地位：
- 分公司的法律地位可能因国家和地区而异，有的分公司可能不具备独立法人资格，无法直接与劳动者签订劳动合同。因此，在签订劳动合同时，应仔细了解分公司的法律地位和用工权限。
合同条款明确：
- 劳动合同中应明确约定工作地点、工作内容、劳动报酬、劳动合同期限等关键条款，以避免未来可能发生的纠纷。
综上所述，处理在分公司工作的劳动关系时，应重点关注劳动合同的签订方、社保缴纳情况、责任承担主体以及法律纠纷的解决方式。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，确保在劳动关系中得到充分的保护。