核心结论：农民工遇到包工头跑路不给钱且没有直接证据时，可通过收集间接证据、向相关部门投诉、申请法律援助或提起诉讼等途径维权。以下是具体分析和建议：

1. 收集间接证据，构建证据链

• 工资记录：若没有书面合同，可收集工资条、银行转账记录（如有）、微信/支付宝转账记录等，证明包工头曾支付过工资。
• 工作记录：保存考勤表、工作证、工牌、工作服、工作照片或视频等，证明你在该工地工作。
• 证人证言：联系同工地的工友，请他们出具书面证言或出庭作证，证明你曾为包工头工作且未获报酬。
• 沟通记录：保存与包工头的微信、短信、电话录音等，尤其是包工头承认欠薪或拖延支付的记录。
• 其他证据：如包工头与上游公司的合同、工程结算单等（可通过申请法院调查取证获取）。

2. 向相关部门投诉，启动行政程序

• 劳动监察大队：向当地劳动保障监察部门投诉，提供上述间接证据，要求责令包工头或上游公司支付工资。
• 住建部门：若包工头挂靠某建筑公司，可向住建部门举报其违法分包行为，迫使公司介入解决欠薪问题。
• 工会或农民工维权中心：联系当地工会或农民工维权中心，寻求帮助和指导。

3. 申请法律援助，提起诉讼

• 法律援助：若经济困难，可向当地法律援助中心申请免费律师帮助，准备起诉材料。
• 起诉对象：
  • 包工头个人：若能证明其身份和欠薪事实，可直接起诉包工头。
  • 上游公司：若包工头挂靠公司或公司存在过错（如未支付工程款），可同时起诉公司承担连带责任。
• 诉讼策略：即使没有直接证据，通过间接证据形成的证据链，仍可能被法院采信。法院可根据《民事诉讼法》及相关司法解释，结合高度盖然性原则认定事实。

4. 申请先予执行，快速解决生活困难

• 若因欠薪导致生活困难，可在起诉时申请“先予执行”，要求法院裁定包工头或公司先行支付部分工资，以解燃眉之急。

5. 注意事项

• 时效性：劳动争议仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，务必及时行动。
• 避免过激行为：维权时保持理性，避免与包工头或公司发生冲突，防止自身权益受损。
• 持续跟进：投诉或起诉后，定期与相关部门或法院沟通，了解案件进展。

总结：没有直接证据并不意味着无法维权，关键是通过间接证据构建完整的证据链，并借助行政和司法力量推动问题解决。如有进一步疑问或需要具体指导，可直接向我咨询。