公司规章制度中将年底补贴涵盖加班费、高温补贴的做法，其有效性需依据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从规章制度合法性角度分析
内容合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是劳动者因延长工作时间而应得的额外报酬，高温补贴则是针对高温环境下工作的劳动者的一种特殊补偿。这两种费用均属于劳动者的法定权益，其性质与年底补贴（通常作为对员工一年工作的奖励或激励）存在本质区别。
- 若公司规章制度将加班费、高温补贴纳入年底补贴范畴，且未明确区分或单独计算，可能涉嫌侵犯劳动者的合法权益，因为这样做可能模糊了法定权益与奖励性补贴的界限。
程序合法性：
- 规章制度的制定需遵循民主程序，即应与工会或职工代表协商确定，并公示或告知劳动者。若规章制度在制定过程中未遵循这些程序，即使内容本身不违法，也可能因程序瑕疵而被认定为无效。
二、从劳动者权益保护角度分析
权益明确性：
- 劳动者有权明确知晓自己的工资构成及各项福利待遇。若公司规章制度将加班费、高温补贴模糊地纳入年底补贴，可能导致劳动者对自己的权益产生误解，从而不利于权益的保护。
权益实现性：
- 加班费和高温补贴的及时足额支付是劳动者的法定权利。若公司将其纳入年底补贴，可能延迟支付或减少支付，从而损害劳动者的合法权益。
三、从实际操作与司法实践角度分析
实际操作难度：
- 将加班费、高温补贴纳入年底补贴，在实际操作中可能增加计算的复杂性和争议性。例如，如何准确计算加班时间、高温工作环境下的工作时间等，都可能成为争议点。
司法实践倾向：
- 在司法实践中，法院通常倾向于保护劳动者的合法权益，对于侵犯劳动者法定权益的行为持否定态度。因此，若公司规章制度存在此类问题，可能在劳动争议中被认定为无效或部分无效。
建议与结论
公司角度：
- 公司应明确区分法定权益（如加班费、高温补贴）与奖励性补贴（如年底补贴），确保劳动者的法定权益得到及时足额支付。
- 在制定或修改规章制度时，应遵循民主程序，并公示或告知劳动者，以确保规章制度的合法性和有效性。
劳动者角度：
- 劳动者应了解自己的工资构成及各项福利待遇，对于公司规章制度中存在的模糊或不合理之处，应及时提出异议或寻求法律帮助。
- 若因公司规章制度问题导致权益受损，劳动者可通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司规章制度中将年底补贴涵盖加班费、高温补贴的做法，其有效性取决于规章制度的内容合法性、程序合法性以及实际操作与司法实践中的倾向。为确保劳动者的合法权益得到保护，公司应明确区分法定权益与奖励性补贴，并遵循民主程序制定或修改规章制度。劳动者也应了解自己的权益，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。