在合同纠纷中，如果申请人无法直接拿到被申请人公司与某单位签订的合同，该合同仍然有可能作为证据使用，但具体能否作为有效证据，需视情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、合同作为证据的法律基础

在民事诉讼中，证据是证明案件事实的材料。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，证据包括书证、物证、视听资料、电子数据等多种形式。其中，书证是指以文字、符号、图形等所记载的内容或表达的思想来证明案件事实的证据。因此，合同作为书证的一种，在符合法定条件的情况下，是可以作为证据使用的。

二、无法直接获取合同时的证据替代方案

1. 申请法院调取证据：

   • 如果申请人因客观原因无法直接获取合同，可以向法院提出申请，请求法院调取该合同作为证据。法院在审查申请后，如果认为有必要，会依法调取相关证据。

2. 利用其他间接证据：

   • 在无法直接获取合同的情况下，申请人可以尝试收集其他与合同相关的间接证据，如交易记录、付款凭证、通信记录等。这些间接证据虽然不能直接证明合同的内容，但可以在一定程度上佐证合同的存在和履行情况。

3. 证人证言：

   • 如果有关人员（如合同签订的参与者、知情人等）愿意出庭作证，他们的证言也可以作为证据使用。证人证言需要真实、客观，并能够与案件事实相关联。

三、合同作为证据的有效性条件

1. 真实性：

   • 合同作为证据，必须真实存在，且内容未被篡改或伪造。如果合同存在虚假或伪造的情况，将不能作为有效证据使用。

2. 关联性：

   • 合同必须与案件事实具有关联性，即能够证明案件中的某个或某些事实。如果合同与案件事实无关，将不能作为有效证据使用。

3. 合法性：

   • 合同的获取和使用必须符合法律规定，不得通过非法手段获取或使用合同。如果合同的获取或使用违反法律规定，将不能作为有效证据使用。

四、实际操作中的建议

1. 及时咨询专业律师：

   • 在合同纠纷中，如果申请人无法直接获取合同，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况，为申请人提供合法的证据收集和使用建议。

2. 积极收集其他证据：

   • 在无法直接获取合同的情况下，申请人应积极收集其他与合同相关的证据，以形成完整的证据链，提高胜诉的可能性。

3. 注意证据的保存和提交：

   • 申请人应注意证据的保存和提交方式，确保证据的完整性和真实性。在提交证据时，应按照法院的要求进行整理和提交。

总结来看，虽然申请人无法直接拿到被申请人公司与某单位签订的合同，但该合同仍然有可能作为证据使用。关键在于申请人能否通过合法途径获取该合同或收集到其他与合同相关的有效证据，并确保证据的真实性、关联性和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。