您好，非常理解您目前遇到的困境，海员证书被公司扣押确实是一个棘手的问题。根据相关规定和类似案例的处理方式，我为您提供以下建议：
首先，明确公司无权扣留您的证书。海员证书是您个人职业资格的证明，公司没有合法依据扣留您的证书。如果公司以此作为要挟，要求您支付额外费用或满足其他不合理条件，这是不合法的行为。
接下来，您可以采取以下步骤来解决问题：
与公司沟通：
- 尝试与公司进行友好沟通，明确表达您需要取回证书的意愿，并询问扣留证书的具体原因。
- 如果公司提出不合理要求，如要求您支付额外费用，您可以明确拒绝，并告知公司其行为可能涉及违法。
向海事部门反映：
- 如果与公司沟通无果，您可以向公司所在地的海事部门反映情况。海事部门是负责海员证书管理和监督的机构，他们有权介入并协调解决此类问题。
- 在反映时，请提供详细的情况说明，包括公司名称、扣留证书的具体情况、您的联系方式等，以便海事部门能够及时与您联系并处理。
寻求法律援助：
- 如果海事部门介入后问题仍未得到解决，或者公司行为涉及违法，您可以考虑寻求法律援助。
- 咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。律师可以为您提供法律建议，并帮助您通过法律手段取回证书。
保留相关证据：
- 在整个过程中，请务必保留好与公司的沟通记录、合同、付款凭证等相关证据。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。
最后，我想强调的是，您作为海员，拥有合法的职业资格和权益。公司无权扣留您的证书，更无权以此作为要挟。请坚定维护自己的权益，通过合法途径解决问题。
希望以上建议能够对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何困难或需要进一步的帮助，请随时与我联系。