您好，关于您提出的“扣押船员证书是否违法以及如何处理”的问题，我将结合相关法律法规为您详细解答。
首先，扣押船员证书是否违法，这取决于扣押的主体、程序以及扣押的合法性依据。在一般情况下，船员证书是船员合法从事海上工作的凭证，受到法律的保护。如果未经法定程序或没有合法依据，随意扣押船员证书是违法的。
具体来说，根据《中华人民共和国船员条例》第五十七条的规定，船长如果未保证船舶和船员携带符合法定要求的证书、文书以及有关航行资料，海事管理机构可以对其处以罚款，并在情节严重的情况下，暂扣船员适任证书6个月以上2年以下，直至吊销船员适任证书。但这里的关键是，扣押（或暂扣）证书的行为必须由海事管理机构依法进行，且必须符合法定的条件和程序。
如果船员证书被非法扣押，应该如何处理：
了解扣押主体和原因：首先，您需要了解是谁扣押了您的证书，以及扣押的原因是什么。这有助于您判断扣押行为的合法性。
核实扣押的合法性：如果扣押行为是由海事管理机构进行的，您需要核实其是否依法进行了扣押，包括是否出具了合法的扣押决定书、是否告知了您扣押的理由和期限等。如果扣押行为是由其他单位或个人进行的，那么这种扣押行为很可能是非法的。
寻求法律援助：如果您认为扣押行为是非法的，或者海事管理机构在扣押过程中存在违法行为，您可以寻求法律援助，包括咨询律师或向海事管理机构的上级部门投诉。
申请行政复议或提起行政诉讼：如果您对海事管理机构的扣押决定不服，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
配合调查与整改：如果扣押行为是因为您或您所在的船舶存在违法行为而导致的，您需要积极配合海事管理机构的调查，并按照要求进行整改。在整改完成后，您可以向海事管理机构申请解除扣押。
总之，扣押船员证书必须依法进行，且必须符合法定的条件和程序。如果船员证书被非法扣押，您应该及时了解扣押的主体和原因，核实扣押的合法性，并寻求法律援助以维护自己的合法权益。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。