船长一年内2次被扣证是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 扣证行为的合法性基础

• 船长被扣证通常源于违反水上交通安全法规（如《中华人民共和国海上交通安全法》《内河交通安全管理条例》等）。若两次扣证均因船长存在违法行为（如超载、酒驾、未按规定航行等），且执法部门依法定程序作出处罚，则扣证行为本身合法。
• 法律依据：根据《海上交通安全法》第九十一条，海事管理机构可对违反规定的船长暂扣船员适任证书，期限一般不超过6个月。若两次扣证均在此范围内，且违法行为独立存在，则不违法。

2. 重复扣证的合法性边界

• 同一违法行为：若两次扣证针对同一违法行为（如一次未处理完毕又重复处罚），则可能违反“一事不再罚”原则，属于违法。
• 不同违法行为：若两次扣证针对不同违法行为（如第一次因超载，第二次因未携带证件），且每次处罚均符合法定条件，则合法。
• 累计处罚的合理性：部分法规允许对多次违法行为累计处罚（如《内河交通安全管理条例》第八十条），但需明确每次处罚的独立性，避免变相加重处罚。

3. 扣证程序的合规性

• 扣证需遵循法定程序，包括：
  1. 调查取证：执法部门需固定违法行为证据（如现场笔录、视频等）；
  2. 告知权利：需告知船长陈述、申辩权利；
  3. 作出决定：出具书面扣证决定书，载明违法事实、依据及期限；
  4. 送达与执行：将决定书送达船长，并依法执行。
• 程序违法后果：若扣证未履行上述程序（如未告知权利、未出具决定书），则扣证行为违法，船长可申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 船长的救济途径

• 若认为扣证违法，船长可：
  1. 申请行政复议：向作出扣证决定的海事管理机构上级部门申请复议；
  2. 提起行政诉讼：向法院起诉，要求撤销扣证决定；
  3. 要求听证：对重大处罚（如长期扣证），可要求执法部门组织听证。

5. 实务建议

• 核实扣证依据：要求执法部门出示扣证的法律依据及违法事实证据；
• 保留证据：保存扣证决定书、现场笔录等材料，以便后续维权；
• 及时处理：在扣证期限内改正违法行为，避免因拖延导致更严重后果。

总结：船长一年内两次被扣证是否违法，需结合违法行为独立性、扣证程序合规性及法律依据综合判断。若两次扣证均因不同违法行为且程序合法，则不违法；反之，可能涉及程序违法或重复处罚。如有疑问，可直接向我咨询具体案情。