结论：工资7000元被罚款3000元是否合法，不能一概而论，需根据罚款的性质、依据及程序来判断。
一、罚款性质与依据
公司内部规章制度：
- 若公司依据合法制定的内部规章制度对员工进行罚款，且该规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示或告知员工，同时罚款金额合理且不违反法律法规的强制性规定，则可能是合法的。
- 但需注意：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。在此案例中，若罚款3000元是基于员工给公司造成的经济损失，且7000元的20%为1400元，显然3000元的罚款超出了这一限制，因此是不合法的。
法律法规明确规定的罚款：
- 若罚款是基于法律法规的明确规定（如税务罚款、交通违规罚款等），且罚款金额、程序均符合法律规定，则是合法的。但此类罚款通常不涉及工资扣除，而是由个人直接承担。
二、罚款程序
- 无论罚款基于何种依据，公司均应遵循正当程序，如事先告知员工罚款的原因、依据及金额，给予员工陈述和申辩的机会，确保罚款决定的公正性和合理性。
- 若公司未遵循正当程序，擅自扣除员工工资作为罚款，则可能构成违法。
三、法律建议
核实罚款依据：
- 员工应首先核实公司罚款的依据是否合法、合理，以及是否遵循了正当程序。
与公司沟通：
- 若认为罚款不合法或不合理，员工可与公司进行沟通，要求公司撤销或调整罚款决定。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 若公司罚款行为违法：员工有权要求公司返还被扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。同时，公司可能面临劳动监察部门的处罚。
- 若员工未及时维权：可能导致自己的合法权益受损，且可能错过最佳的维权时机。
总结：工资7000元被罚款3000元是否合法，需根据罚款的性质、依据及程序来判断。若罚款超出法定限制或未遵循正当程序，则可能是违法的。员工应核实罚款依据，与公司沟通，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。