结论前置：员工周六周日请假一天扣两天工资的做法，通常是不合法的，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定且该约定不违反法律法规的强制性规定。
法律分析：
工资扣除的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意扣除。除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 对于周六周日请假一天扣两天工资的做法，除非有特别约定且该约定合法，否则一般被视为不合法。因为这种做法实际上是对劳动者休息日工资的额外扣除，超出了法律允许的范畴。
劳动合同与规章制度的约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了周六周日请假一天扣两天工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于最低工资标准、不违反公序良俗等），则可能被视为合法。但这种情况较为罕见，且需要严格符合法律要求。
- 通常情况下，劳动合同和规章制度应更加注重保护劳动者的合法权益，而不是通过不合理的扣除工资来约束劳动者。
可能的法律后果：
- 如果用人单位擅自扣除劳动者周六周日请假一天的两天工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位补发工资并可能获得相应的赔偿。
- 此外，用人单位还可能因违反劳动法律法规而面临行政处罚或民事责任。
建议与行动：
- 对于劳动者：如果遇到周六周日请假一天扣两天工资的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关约定。如果没有约定或约定不合法，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守劳动法律法规，不得擅自扣除劳动者工资。如果需要制定相关规章制度，应确保其合法性和合理性，并充分征求劳动者的意见。
例子说明：
假设某员工周六周日请假一天，公司规定请假一天扣两天工资。如果该员工当月工资为5000元，按照公司规定将被扣除1000元（两天工资）。但根据法律规定，除非有特别约定且合法，否则这种扣除是不合法的。如果员工投诉或提起劳动仲裁，公司可能需要补发这1000元工资，并可能面临其他法律责任。
总结：员工周六周日请假一天扣两天工资的做法通常是不合法的。劳动者应了解自己的合法权益，并在遇到不合理扣除时及时采取行动。用人单位也应遵守法律法规，确保规章制度的合法性和合理性。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。