当员工提出离职后未按照规定流程办理，而是直接离岗时，公司可以采取以下措施来保障自身权益并妥善处理此事：
首先，根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者在解除劳动合同时，应当提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。这是劳动者应尽的义务，也是确保工作交接顺利进行、减少对公司运营影响的重要环节。如果员工未按照此规定提前通知，公司有权依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，对员工进行相应的处理，如扣发未提前通知期间的工资等。但需注意，这种扣发应合理且符合法律法规，避免过度处罚。
其次，对于未按规定办理工作交接就离职的员工，公司应明确要求其返回并完成工作交接。工作交接是确保公司业务连续性和数据安全性的重要步骤，员工有义务配合完成。如果员工拒绝返回或无法联系，公司可以依据《劳动合同法》的规定，要求员工承担因其违法解除劳动合同给公司造成的损失。这包括但不限于因员工突然离职导致的业务中断、客户流失、数据泄露等直接和间接损失。
为了有效维护公司权益，公司在要求员工承担赔偿责任时，需注意以下几点：
保留证据：公司应妥善保存与员工离职相关的所有证据，包括但不限于离职申请、工作交接记录、公司损失证明等。这些证据将作为后续维权的重要依据。
明确损失：公司需对因员工违法离职造成的损失进行详细核算，并确保损失具有合理性、明确性。这有助于在后续维权过程中，向员工或相关机构清晰展示损失情况。
合法追偿：在确认员工应承担赔偿责任后，公司应通过合法途径进行追偿。这可以包括与员工协商、通过劳动仲裁或诉讼等方式解决。
最后，公司还应从此次事件中吸取教训，完善内部管理制度，明确离职流程和工作交接要求，以减少类似事件的发生。同时，加强与员工的沟通和培训，提高员工对离职流程的认识和重视程度，共同维护公司的稳定和运营。