在合伙合同纠纷中，若被告不愿意配合审计，可采取以下措施：

1. 申请法院强制审计
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，若合伙协议明确约定需通过审计确定财务状况，或法院认为审计是查明事实的必要手段，原告可向法院申请强制审计。法院有权责令被告提交财务资料，若被告拒不配合，可能面临罚款、拘留等司法强制措施，甚至直接采信原告提供的审计报告（需符合证据规则）。

2. 利用现有证据推定事实
   若无法强制审计，原告需通过其他证据链证明合伙财务状况，例如：

• 合伙期间的银行流水、税务申报记录；
  
• 证人证言（如其他合伙人、财务人员）；
  
• 被告自认的财务数据（如邮件、聊天记录）；
  
• 行业惯例或同类案件的裁判标准。
  法院可能根据《民法典》第112条（公平原则）或第577条（违约责任），结合高度盖然性证据规则，对争议事实作出推定。

1. 主张违约或侵权责任
   若被告拒不审计的行为构成根本违约（如阻碍合同目的实现），原告可依据《民法典》合同编主张解除合同、赔偿损失；若被告存在隐匿、转移财产等恶意行为，可能涉及《刑法》第313条（拒不执行判决、裁定罪）的刑事风险，但需通过刑事自诉或移送公安程序处理。

实务建议：

• 提前在合伙协议中约定“审计条款”，明确拒不配合的违约后果；
  
• 诉讼中同步申请财产保全，防止被告转移资产；
  
• 委托专业会计师对现有财务资料进行整理，形成可视化报告提交法院。
  

若需进一步分析具体案情或证据材料，可随时向我提供细节，我将结合司法实践给出针对性方案。