在民事诉讼中，若对方公司不配合法院指定的审计工作，可采取以下法律措施，结论前置如下：

1. 申请法院强制执行配合义务

根据《民事诉讼法》第67条，当事人有义务配合法院调查取证，包括提供审计所需的财务资料。若对方公司无正当理由拒不配合，可向法院申请责令其履行配合义务，法院可通过以下方式强制执行：

• 罚款：对单位处以5万元至100万元罚款（《民事诉讼法》第118条）；
  
• 拘留：对直接责任人员处以15日以下拘留（《民事诉讼法》第118条）；
  
• 强制措施：如法院直接调取资料或委托第三方强制审计。
  

操作建议：

• 提交书面申请，附对方拒不配合的证据（如沟通记录、律师函等）；
  
• 明确要求法院限定配合期限，避免程序拖延。

2. 申请法院推定不利事实

若对方公司拒不提供审计资料导致关键事实无法查清，可依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第95条，申请法院推定我方主张的事实成立。例如：

• 对方拒不提供账目，可推定其存在隐瞒收入、转移资产等行为；
  
• 对方拒不配合审计导致损失无法计算，可主张按我方提供的合理证据认定损失。
  

操作建议：

• 提交初步证据证明对方持有关键资料且拒不提供；
  
• 明确推定事实的具体内容（如收入金额、债务范围等）。

3. 申请证据保全或直接认定责任

若对方公司以销毁、篡改资料等方式阻碍审计，可申请法院：

• 证据保全：封存对方财务系统、账目等（《民事诉讼法》第84条）；
  
• 直接认定责任：若对方行为构成妨碍民事诉讼，法院可依据《民事诉讼法》第118条对其处罚，并直接采纳我方证据认定责任。
  

操作建议：

• 发现对方有销毁证据迹象时，立即申请证据保全；
  
• 提交对方妨碍诉讼的证据（如监控录像、证人证言等）。

4. 以“拒不执行判决、裁定”追究刑事责任（极端情况）

若对方公司经法院多次责令仍拒不配合，且行为涉嫌构成《刑法》第313条“拒不执行判决、裁定罪”，可向公安机关报案，追究其刑事责任。

操作建议：

• 需证明对方行为达到“情节严重”标准（如长期拒不配合、导致判决无法执行）；
  
• 配合公安机关收集证据（如法院执行文书、对方拒不配合的记录）。

实务提示

• 提前固定证据：在诉讼前通过律师函、沟通记录等方式证明对方拒不配合；
  
• 联动法院执行：与法官保持沟通，推动法院快速采取强制措施；
  
• 考虑诉讼策略：若对方拒不配合系为拖延程序，可主张按我方证据快速推进诉讼。
  

如有具体案件细节（如审计目的、对方拒不配合的具体表现等），可进一步向我说明，我将结合案情提供针对性建议。