员工在职期间迟到旷工，一般情况下公司不能直接起诉员工，但公司可以依据规章制度对员工进行处理，员工若对公司处理结果不服，可能引发劳动争议进而进入法律程序。以下从不同角度为您详细分析：
公司角度
- 规章制度约束：公司通常会制定内部规章制度，明确员工的考勤要求，包括迟到、旷工等行为的界定以及相应的处罚措施。如果员工出现迟到旷工行为，公司有权依据规章制度对其进行处理，比如警告、罚款、扣减绩效工资等。但这些处理措施主要是公司内部的管理行为，并非法律意义上的起诉。
- 解除劳动合同：当员工的迟到旷工行为严重违反公司规章制度时，公司有权解除与员工的劳动合同。例如，员工一个月内多次迟到旷工，且每次时间较长，严重影响公司正常工作秩序。不过，公司在解除劳动合同时，需要确保规章制度的制定程序合法、内容合理，并且已经向员工公示或告知。否则，公司可能面临违法解除劳动合同的法律风险，需要向员工支付赔偿金。就像您提到的案例中，公司虽认为员工迟到早退严重，但法院认为迟到、早退与旷工属于不同性质的违纪行为，不能直接等同或相互替代，最终判决公司支付员工违法解除劳动合同赔偿金。
员工角度
- 对处理结果不服：如果员工认为公司对其迟到旷工行为的处理不公正或不合理，比如公司依据的规章制度本身存在问题，或者处理措施过重，员工可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求撤销公司的处理决定或恢复劳动关系等。
- 自身权益保障：员工在面对公司的处理时，也有权了解自己的行为是否确实违反了公司规定以及违反的程度。如果员工认为自己的迟到旷工行为有合理原因，如突发疾病、家庭紧急情况等，并且已经按照公司规定履行了请假手续或事后补办了相关手续，那么员工可以主张公司不应对其进行过度处罚。
法律程序角度
- 劳动争议解决途径：当员工与公司之间因迟到旷工问题产生争议时，通常需要先经过劳动仲裁这一前置程序。只有对劳动仲裁结果不服的，才可以向法院提起诉讼。所以，严格来说，不是公司直接起诉员工，而是在劳动争议解决过程中，可能进入诉讼阶段。
- 法院审理重点：在劳动争议诉讼中，法院会重点审查公司规章制度的合法性、员工行为的性质以及公司处理措施的合理性等方面。法院会根据具体案件事实和相关法律法规，判断公司是否合法解除劳动合同或采取其他处理措施，以及员工是否应当承担相应的责任。
建议：
- 对于公司而言，要完善内部规章制度，确保其制定程序合法、内容合理，并向员工进行公示或告知。在处理员工迟到旷工问题时，要依据规章制度进行，做到程序合法、处理适当。
- 对于员工来说，要遵守公司的考勤制度，如有特殊情况需要请假，要按照公司规定履行请假手续。如果对公司处理结果有异议，要及时通过合法途径维护自己的权益。
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