迟到了按制度算旷工，如果员工对处罚不服，可以申请劳动仲裁。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司规章制度的合法性

1. 规章制度的制定程序：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 规章制度的合理性：即使规章制度经过民主程序制定并向员工公示，如果其内容明显失当，扩大了员工的违纪后果，也可能被认定为不合理。例如，将迟到30分钟视为旷工半天，这样的规定可能被视为对违纪情节的过度放大，从而被仲裁机构或法院认定为不合理。

二. 劳动仲裁的受理范围

1. 劳动争议的定义：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系发生的争议、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议等，都属于劳动争议的受理范围。

2. 迟到与旷工争议的处理：如果员工对用人单位将迟到按制度算旷工的处理方式不服，且该处理方式涉及了员工的劳动权益（如工资、奖金、劳动合同等），那么员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

三. 仲裁过程中的证据与裁决

1. 证据的收集与提供：在申请仲裁时，员工和用人单位都需要提供相关的证据来支持自己的主张。这些证据可能包括考勤记录、公司规章制度、劳动合同等。

2. 仲裁机构的裁决：仲裁机构会根据双方提供的证据和事实，依据相关法律法规进行裁决。如果仲裁机构认为用人单位的规章制度合法且合理，且员工确实存在迟到行为，那么可能会支持用人单位的处理方式。反之，如果仲裁机构认为用人单位的规章制度存在违法或不合理之处，或者员工的迟到行为并未达到规章制度中规定的严重程度，那么可能会裁决用人单位撤销处罚或支付赔偿金。

综上所述，迟到了按制度算旷工是否可以仲裁，取决于公司规章制度的合法性与合理性以及劳动争议的具体情况。如果员工对处罚不服且认为自己的劳动权益受到侵害，完全有权利向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。我建议员工在申请仲裁前，先仔细了解公司的规章制度和相关的法律法规，并收集好相关证据以支持自己的主张。