可以申请仲裁。针对您提出的“员工要求的工资已经发放，但后发现工资差额大，是否可以申请仲裁”的问题，以下是从不同角度的详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动争议的范畴，可以依法申请劳动仲裁。工资差额问题，本质上属于劳动报酬争议的一种，因此，员工在发现工资差额大时，有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
二、申请仲裁的条件与流程
申请条件：
- 员工与用人单位之间存在劳动关系；
- 员工认为用人单位未按照约定或法律规定支付工资，存在工资差额；
- 员工在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
申请流程：
- 提交仲裁申请：员工应向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应当载明员工的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务，以及仲裁请求和所根据的事实、理由等。
- 仲裁受理：劳动争议仲裁委员会在收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。
- 开庭审理：仲裁庭在开庭五日前，会将开庭日期、地点书面通知双方当事人。员工和用人单位应按照通知的时间、地点参加仲裁庭审。
- 仲裁裁决：仲裁庭在查明事实的基础上，会根据法律规定作出裁决。如果裁决支持员工的仲裁请求，用人单位应当按照裁决结果支付工资差额。
三、可能面临的法律后果与建议
法律后果：
- 如果员工胜诉，用人单位需要按照仲裁裁决的结果支付工资差额，并可能承担仲裁费用等额外支出。
- 如果用人单位拒不履行仲裁裁决，员工可以向人民法院申请强制执行。
建议：
- 保留证据：员工在申请仲裁前，应尽可能收集并保留与工资差额相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。
- 及时申请：员工在发现工资差额后，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以免超过仲裁时效。
- 寻求专业帮助：如果员工对仲裁流程或法律条款不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。
总结来看，员工在发现工资差额大时，有权依法申请劳动仲裁。在申请仲裁前，员工应了解相关法律背景与依据、申请条件与流程，并保留好相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。