若代理费超过合同金额的5%且合同有明确约定，则按合同约定处理；若合同无约定，则需根据行业惯例、公平原则及双方协商结果处理。具体分析如下：

1. 合同有明确约定：

   • 若双方签订的代理合同中已明确约定代理费的计算方式、支付条件及超额部分的处理方式（如是否退还、如何调整等），则应严格按照合同约定执行。
   • 例如，合同可能规定代理费为合同金额的固定比例，但超过5%的部分需经双方书面同意后方可收取，或超额部分需退还委托人。

2. 合同无明确约定：

   • 行业惯例：若所在行业有明确的代理费收费标准或惯例，且该惯例不违反法律法规的强制性规定，可参照行业惯例处理。
   • 公平原则：根据《中华人民共和国民法典》的公平原则，代理费的收取应合理、公正，不得显失公平。若超额部分明显不合理，委托人有权要求调整或退还。
   • 双方协商：在合同无约定且行业惯例不明确的情况下，双方应通过友好协商解决超额部分的处理问题。协商过程中，可考虑代理服务的实际价值、市场行情、双方过错程度等因素。

3. 法律救济途径：

   • 若双方无法就超额部分的处理达成一致，委托人或代理人可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，请求法院或仲裁机构根据合同约定、行业惯例、公平原则等作出裁决。

建议：在签订代理合同时，双方应明确约定代理费的计算方式、支付条件及超额部分的处理方式，以避免后续纠纷。若合同已签订且存在超额部分争议，建议及时咨询专业律师，通过合法途径维护自身权益。如有任何法律问题，可直接向我咨询。