结论前置：总公司员工兼职但只发总公司工资这一行为是否合法，需根据具体情况判断，若兼职行为未违反公司规定且不影响本职工作，同时未违反法律法规，则仅发放总公司工资可能合法；但若兼职行为违反公司规定或法律法规，则可能涉及违法问题。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同角度分析

1. 劳动合同约定：

   • 若员工与总公司签订的劳动合同中明确规定了员工不得从事兼职工作，或者兼职工作需经公司同意，而员工未经同意擅自兼职，则公司有权依据劳动合同的约定，对员工进行处理，包括但不限于警告、扣减工资、解除劳动合同等。此时，若公司仅发放总公司工资，并以此作为对员工违规兼职的处罚，可能在一定程度上具有合法性，但需确保处罚措施符合法律法规及劳动合同的约定。

2. 兼职不影响本职工作：

   • 若员工兼职行为未违反劳动合同的约定，且未影响其在总公司的本职工作，公司仅因员工兼职而拒绝发放兼职工资（若兼职有约定工资）或仅发放总公司工资，可能缺乏合法依据。因为员工在完成本职工作的前提下，有权利用业余时间从事其他合法工作。

二、从公司规章制度角度分析

1. 公司规章制度规定：

   • 若总公司有明确的规章制度禁止员工兼职，或规定兼职需经公司批准，员工违反这些规定，公司有权依据规章制度对员工进行处理。此时，公司仅发放总公司工资，并以此作为对员工违规的处罚，可能在一定程度上是合法的，但同样需确保处罚措施符合法律法规及规章制度的约定。

2. 规章制度合法性：

   • 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。若规章制度中的处罚措施过于严厉或不合理，可能因违反法律法规而无效。因此，公司在处理员工兼职问题时，需确保规章制度的合法性和合理性。

三、从法律法规角度分析

1. 劳动法规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有权获得劳动报酬，且用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若员工在总公司的工作表现符合要求，且兼职行为未违反法律法规，公司仅因员工兼职而拒绝发放或扣减工资，可能违反劳动法的规定。

2. 兼职合法性：

   • 员工在业余时间从事兼职工作，需确保兼职行为合法，不违反法律法规及职业道德。若兼职行为涉及违法活动或侵犯他人权益，员工需承担相应的法律责任。此时，公司仅发放总公司工资可能不足以作为对员工违法行为的处罚，公司还需依据法律法规对员工进行处理。

法律建议

• 对于员工：在从事兼职工作时，需仔细阅读劳动合同及公司规章制度，确保兼职行为不违反相关规定。同时，需确保兼职行为合法，不侵犯他人权益。若遇到公司仅发放总公司工资的情况，可与公司沟通协商，了解具体原因及处理依据。

• 对于公司：在处理员工兼职问题时，需确保处理措施符合法律法规及劳动合同、规章制度的约定。若需对员工进行处罚，需确保处罚措施合理、合法，并告知员工处罚依据及申诉途径。

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