企业回购政府修建的厂房是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
符合政府规划与政策：
- 若政府因城市规划调整、产业升级等原因，需要收回或调整厂房用途，并依法与企业达成回购协议，这种回购是合法的。
- 政府可能通过公开招标、协商等方式，与企业就回购价格、条件等达成一致，并签订回购合同。
企业自愿且符合法定程序：
- 企业因自身发展需要，如搬迁、转型等，自愿将厂房出售给政府，且双方遵循法定程序进行交易，这种回购也是合法的。
- 双方需签订书面合同，明确回购价格、支付方式、交付时间等条款，并办理相关产权变更手续。
政府依法行使征收权：
- 在特定情况下，如为了公共利益的需要，政府可能依法行使征收权，对企业使用的厂房进行征收并给予补偿。
- 这种情况下，政府需按照法定程序进行征收，包括发布征收公告、进行评估、协商补偿等，确保企业的合法权益得到保障。
二、可能存在的违法情形
政府强制回购且未依法补偿：
- 若政府未经企业同意，强制回购厂房且未依法给予补偿，这种行为可能构成违法。
- 企业有权拒绝政府的强制回购要求，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
回购程序不合法：
- 若回购过程中存在程序违法，如未签订书面合同、未办理产权变更手续等，这种回购可能被视为无效。
- 双方需确保回购程序合法合规，以避免后续纠纷。
回购价格显失公平：
- 若回购价格明显低于市场价值，且未经过合理评估，这种回购可能因显失公平而被撤销。
- 双方在确定回购价格时，应参考市场价值、厂房状况等因素进行合理评估。
三、法律建议
审查政府回购的合法性：
- 企业应审查政府回购的依据、程序是否合法，以及是否依法给予了补偿。
- 若发现政府回购行为存在违法情形，企业应及时向相关部门反映或寻求法律援助。
签订书面回购合同：
- 无论政府还是企业主动提出回购，双方都应签订书面回购合同，明确回购价格、支付方式、交付时间等条款。
- 书面合同是保障双方权益的重要依据，应确保合同内容完整、明确。
办理相关产权变更手续：
- 回购完成后，双方应及时办理产权变更手续，确保产权归属清晰。
- 产权变更手续是完成回购的重要环节，应确保手续合法、有效。
寻求专业法律意见：
- 在涉及政府回购厂房的复杂情况下，企业应寻求专业法律意见，以确保自己的合法权益得到保障。
- 我有丰富的公司法务和司法行政经验，可以为你提供专业的法律咨询和帮助。
企业回购政府修建的厂房是否合法，需根据具体情况判断。在涉及此类问题时，建议企业保持谨慎态度，并寻求专业法律意见以确保自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。