政府代建厂房，企业后期回购在符合相关法律法规和政策规定的情况下是合法的。以下从不同角度进行分析：

合法性基础

1. 合同自由原则：在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。只要政府与企业之间的代建和回购协议不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方就有权自由约定合同内容，包括回购条款。

2. 政府行为合法性：政府代建厂房通常是为了促进地方经济发展、提供公共设施或满足特定产业需求。如果政府在代建过程中遵循了相关法律法规，如进行了合法的招投标程序、获得了必要的审批手续等，那么其代建行为就是合法的。在此基础上，政府与企业协商回购事宜，只要符合相关程序和规定，也是合法的。

回购合法性的具体条件

1. 回购协议合法有效：回购协议应当明确双方的权利义务，包括回购价格、回购时间、回购条件等。协议内容应当合法、合理，不损害国家、集体和第三人的利益。同时，回购协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。

2. 符合相关政策规定：政府代建厂房并后期回购可能涉及土地、规划、建设等多个方面的政策规定。因此，在回购过程中，政府和企业需要确保回购行为符合相关政策要求，如土地使用权的转让、规划许可的变更等。

3. 履行必要程序：回购行为可能需要履行一定的程序，如评估、审计、审批等。政府和企业应当按照相关规定履行这些程序，确保回购行为的合法性和合规性。

潜在风险与防范

1. 合同风险：如果回购协议存在漏洞或不明确之处，可能导致双方产生纠纷。因此，在签订回购协议时，政府和企业应当仔细审查协议内容，确保协议条款明确、具体、无歧义。

2. 政策风险：政策变化可能对回购行为产生影响。因此，政府和企业应当密切关注相关政策动态，及时调整回购策略，以应对可能的政策风险。

3. 法律风险：如果回购行为违反相关法律法规或政策规定，可能面临法律制裁。因此，政府和企业应当确保回购行为的合法性和合规性，避免触犯法律红线。

建议：在实际操作中，政府和企业应当充分沟通、协商，明确回购意向和条件，并签订合法有效的回购协议。同时，双方应当密切关注相关政策动态和法律法规变化，及时调整回购策略，确保回购行为的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。