若公司辞退员工的行为合法，比如员工严重违反公司规章制度等，面对员工不配合办理离职手续的情况，公司可采取以下措施：
- 书面通知：公司有权以书面形式通知员工，要求其在合理的期限内办理离职手续。该通知需明确告知员工逾期不办理将会产生的后果，例如按照公司规定视为自动离职等内容。同时，公司要妥善保留相关的送达凭证，如快递单号、签收记录等，以证明已履行通知义务。
- 停止工作权限：若员工在合理期限内仍拒不配合，公司可考虑停止其工作权限，如收回办公设备、门禁权限等。但要注意保存相关证据，如收回设备的清单、门禁权限取消的记录等，以防后续产生纠纷时无法证明。
- 视为自动离职：按照公司规定，在合理期限届满后，公司可视为员工自动离职处理。不过，公司需确保辞退程序合法合规，如提前通知员工辞退事宜（若符合法定需提前通知的情形）、支付相应经济补偿（若符合法定支付经济补偿的情形）等。
若公司辞退员工的行为违法，面对员工不配合办理离职手续的情况，公司应采取以下措施：
- 积极协商：公司应当积极与员工进行协商，比如支付相应的经济补偿或赔偿金，以此来促使员工配合办理离职手续。经济补偿的标准通常按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若公司存在违法解除劳动合同的情形，员工还可主张二倍的赔偿金。
- 应对纠纷：若因辞退违法或员工不配合办理离职手续等问题产生纠纷，公司应积极应对，准备好辞退的相关证据，如辞退通知、绩效考核结果、沟通记录等。一旦员工提起劳动仲裁或诉讼，公司应依据法律和事实进行答辩，维护自身合法权益。
从员工的角度来看：
如果员工认为自己是被违法辞退的，那么可以通过劳动仲裁等合法途径来维护自身的权益，但不应该以不办理离职手续的方式来进行对抗。因为员工有义务配合用人单位办理离职手续，若拒不办理构成违约，若因此给单位造成损失，单位可通过劳动仲裁要求员工赔偿。例如，因员工不办手续导致新员工无法及时入职，给单位造成一定损失的，单位有权要求员工赔偿相应损失。
总之，无论是公司还是员工，都应通过合理、合法的方式处理辞退及离职手续办理问题，以保障双方的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤方面的法律问题，可以直接向我咨询。