在投标时，若发现两家参与投标的单位存在股权关系，这确实是一个需要谨慎处理的问题。核心结论是：存在股权关系的两家单位同时参与同一项目的投标，可能构成不正当竞争或违反招投标法规，具体处理需依据相关法律法规及招标文件的规定。以下是从不同角度进行的分析和建议：

1. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，投标人之间不得存在关联关系，以避免操纵投标价格或损害其他投标人的利益。如果两家单位存在直接的股权控制关系（如母子公司、兄弟公司等），则它们通常被视为存在关联关系。
   • 若违反此规定，招标人有权拒绝其投标，已中标的，中标无效，并可能面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。

2. 招标文件要求：

   • 招标文件通常会明确规定投标人之间的关联关系限制，以及违反这些规定的后果。因此，在准备投标前，务必仔细阅读招标文件，了解并遵守其中的所有规定。
   • 如果招标文件明确禁止存在股权关系的单位同时投标，那么这两家单位应选择其中一家参与投标，或寻找其他无关联的合作伙伴共同投标。

3. 实际操作建议：

   • 自查与披露：在提交投标文件前，两家单位应自行检查是否存在股权关系，并主动向招标人披露。隐瞒不报可能导致更严重的法律后果。
   • 选择参与：如果确实存在股权关系，且招标文件未明确禁止，两家单位应协商选择其中一家参与投标，或调整股权结构以消除关联关系。
   • 法律咨询：在处理此类复杂情况时，建议咨询具有招投标法律经验的律师，以确保合规并降低法律风险。

4. 后续处理：

   • 如果已经提交了存在股权关系的投标文件，且被招标人发现，应立即与招标人沟通，说明情况并寻求解决方案。
   • 根据招标人的要求，可能需要撤回投标、接受处罚或采取其他补救措施。

总之，在投标过程中，确保遵守所有相关法律法规和招标文件的规定至关重要。如果发现两家单位存在股权关系并计划同时投标，务必谨慎处理，以避免不必要的法律风险和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。