公司和下面领导签了工资代发协议，在符合法律规定和程序要求的情况下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
委托代发工资的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有义务按时足额支付劳动者工资。在实际操作中，用人单位可以委托第三方（包括公司内部的其他部门或领导）代为发放工资，只要这种委托行为不违反法律法规的强制性规定，且能够确保工资按时足额发放到劳动者手中。
协议签订的有效性：
- 公司与下面领导签订工资代发协议，本质上是一种委托关系。只要双方意思表示真实，协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等情形，该协议就是有效的。
需要注意的问题
确保工资发放的准确性和及时性：
- 无论工资由谁代发，用人单位都应确保工资的准确性和及时性。如果因为代发行为导致工资发放错误或延迟，用人单位仍需承担相应的法律责任。
避免利益冲突：
- 在选择代发工资的人员时，应避免选择与劳动者存在直接利益冲突的人员，如劳动者的直接上级（除非该上级不直接参与工资的计算和发放过程），以防止潜在的腐败或不当行为。
保留相关证据：
- 用人单位应保留与代发工资相关的所有证据，包括协议、工资发放记录、劳动者确认收到的凭证等，以备在发生争议时作为证据使用。
可能的法律后果
如果代发行为违法：
- 如果代发工资的行为违反了法律法规的强制性规定，如未按时足额发放工资、克扣或无故拖欠工资等，用人单位将面临劳动行政部门的处罚，并可能需要向劳动者支付赔偿金。
如果协议无效：
- 如果工资代发协议因违反法律、行政法规的强制性规定或存在欺诈、胁迫等情形而被认定为无效，用人单位可能需要重新安排工资发放方式，并可能因此承担额外的法律责任。
建议
- 完善内部管理制度：用人单位应建立完善的工资发放管理制度，明确工资发放的流程、责任人和监督机制，确保工资发放的准确性和及时性。
- 加强法律培训：用人单位应定期对相关人员进行法律培训，提高其法律意识和风险防范能力，避免因不了解法律规定而引发法律风险。
- 及时咨询专业律师：如果用人单位在工资代发方面存在疑问或遇到法律问题，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
如果您在工资代发方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。