结论前置：在合同中，针对开发票后对方公司未付款的情况，可以通过明确付款条件、设置违约责任条款、约定发票处理方式以及加入争议解决机制等方式进行约定，以保障自身权益。以下是具体建议：
明确付款条件与时间：
- 在合同中详细规定付款的具体时间节点，例如“合同签订后XX个工作日内，买方应向卖方支付合同总金额的XX%作为预付款；卖方开具等额发票后，买方应在收到发票之日起XX个工作日内支付剩余款项”。
- 明确付款方式，如银行转账、支票等，并指定收款账户信息。
设置违约责任条款：
- 约定若买方未按约定时间付款，应承担的违约责任，包括但不限于支付逾期利息、违约金等。例如，“若买方逾期付款，每逾期一日，应按未付款项的XX%向卖方支付违约金”。
- 明确卖方在买方违约时的权利，如暂停服务、解除合同并要求赔偿损失等。
约定发票处理方式：
- 规定卖方在开具发票后，应如何将发票交付给买方，以及买方在收到发票后的确认义务。
- 可以约定，若买方在收到发票后一定期限内未提出异议，则视为买方已认可发票内容及金额。
加入争议解决机制：
- 在合同中约定争议解决的方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
- 明确争议解决的地域管辖，例如“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，任何一方均可向卖方所在地人民法院提起诉讼”。
其他保障措施：
- 考虑设置担保条款，如要求买方提供第三方担保或抵押物，以增加付款的保障性。
- 在合同中明确双方的联系人和联系方式，以便在付款过程中及时沟通。
特别提醒：在签订合同时，务必确保所有条款均符合相关法律法规的规定，避免出现无效或违法条款。同时，建议双方在签订合同前对合同条款进行充分沟通和协商，以确保合同内容能够真实反映双方的意愿和利益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。