关于小产假未休满15天，年终奖扣除自然日15天出勤工资是否合理的问题，分析如下：
从法律规定角度：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天。同时，各地可能还有额外的产假规定，如延长产假、陪产假等。这些规定旨在保护女职工的合法权益，确保她们在生育期间得到充分的休息和恢复。
- 关于年终奖的发放，通常取决于公司的规章制度和劳动合同约定。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件和计算方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照该规定执行。然而，如果公司的规定或约定违反了法律法规，如无故扣除女职工应得的年终奖，那么这种行为可能是不合法的。
从合理性角度：
- 女职工因生育而休产假是法律赋予的权利，公司应当尊重并保障这一权利。如果女职工因特殊原因（如身体状况、家庭情况等）未休满规定的产假天数，公司应当根据实际情况进行灵活处理，而不是简单地按照未休满的天数扣除年终奖。
- 年终奖作为员工全年工作表现的一种奖励，其发放应当与员工的工作表现、贡献等因素挂钩。如果女职工在产假期间仍然为公司做出了贡献（如远程工作、参与项目等），或者其未休满产假是由于不可抗力因素导致的，那么公司扣除其年终奖的做法显然是不合理的。
建议与行动：
- 如果女职工认为公司扣除其年终奖的做法不合理，可以先与公司的人力资源部门进行沟通，了解公司的具体规定和扣除原因，并尝试协商解决。
- 如果沟通无果，女职工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在此过程中，女职工应当保留好相关证据（如劳动合同、公司规章制度、产假证明、年终奖发放记录等），以便在需要时提供证明。
综上所述，小产假未休满15天，年终奖扣除自然日15天出勤工资的做法是否合理，取决于公司的规章制度、劳动合同约定以及法律法规的规定。如果公司的做法违反了法律法规或劳动合同约定，那么女职工有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。