结论：单位在小产假超过5天就扣除整月奖励性绩效工资的做法，一般是不合理的，但具体是否合法需结合单位规章制度、劳动合同以及地方性法规综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度分析
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果单位扣除整月奖励性绩效工资的规章制度未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，单位不能据此扣除工资。
规章制度合理性：
- 即使规章制度经过了民主程序制定并公示，其内容也必须合理。扣除整月奖励性绩效工资作为一种较为严厉的处罚措施，应当与劳动者的违规行为程度相适应。小产假是女职工依法享有的权利，单位因女职工休小产假超过一定天数就扣除整月奖励性绩效工资，可能被视为不合理。
二、从地方性法规的角度分析
- 不同地区对于女职工产假期间的工资待遇可能有不同的规定。例如，一些地方性法规可能明确规定，女职工在产假期间，用人单位不得降低其工资、福利等待遇，或者不得扣除其绩效工资等。
- 因此，需要查阅所在地区的地方性法规，以确定单位扣除整月奖励性绩效工资的做法是否违反了地方性法规的规定。
三、从实际操作和公平性的角度分析
实际操作：
- 单位在执行规章制度时，应当遵循公平、公正、公开的原则。如果单位对所有休小产假的女职工都采取相同的扣除整月奖励性绩效工资的做法，而没有考虑个别情况（如女职工因特殊原因需要延长产假等），那么这种做法可能缺乏公平性。
公平性：
- 奖励性绩效工资通常与劳动者的工作表现、业绩等挂钩。女职工休小产假是其依法享有的权利，与工作表现、业绩等无直接关联。因此，单位因女职工休小产假就扣除其奖励性绩效工资，可能被视为不公平。
四、建议
与单位协商：
- 如果女职工认为单位扣除整月奖励性绩效工资的做法不合理，可以首先与单位进行协商，要求单位说明扣除工资的依据和理由，并尝试达成和解。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，女职工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求单位支付被扣除的奖励性绩效工资，并可能要求单位支付经济补偿金等。
寻求法律援助：
- 在申请劳动仲裁过程中，如果女职工需要法律帮助或支持，可以寻求法律援助机构的帮助，或者咨询专业律师的意见。
最后，单位在小产假超过5天就扣除整月奖励性绩效工资的做法，一般是不合理的。但具体是否合法需结合单位规章制度、劳动合同以及地方性法规综合判断。如果女职工遇到此类问题，建议及时与单位协商或寻求法律帮助。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。