生产制造业企业工人三次拒绝周六日加班，一般不算严重违纪，但需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。第四十二条规定了不受第四十一条限制的特定情形，如发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的等。
这表明，用人单位安排加班需要与劳动者协商，劳动者有权拒绝延长工作时间，除非存在法律规定的特定情形。因此，仅从法律规定来看，工人拒绝周六日加班是合法的，不能直接认定为严重违纪。
从劳动合同约定角度
如果劳动合同中有关于加班的明确约定，例如“甲方因生产经营需要、项目需要及其他特殊原因，可以安排乙方加班，乙方应予以配合和服从”，这种约定属于概括性的约定。但在劳动合同履行过程中，客观情况会发生变化，对于是否同意延时工作，用人单位仍应尊重劳动者的权利。
就像案例中，虽然双方签订的劳动合同约定公司有权安排王五加班，王五需要配合，但公司以劳动合同约定及管理制度规定为由，要求王五在法定情形以外，无条件服从其延长工作时间的安排，违反了法律的规定，损害了王五的权利。王五有权拒绝接受公司延时工作的安排，公司以王五不服从安排、不配合加班为由进行纪律处分，缺乏合法性。
从企业规章制度角度
企业规章制度需要合法合规，并且要经过民主程序制定并向劳动者公示。如果企业的规章制度中规定，工人拒绝加班就构成严重违纪，这种规定可能存在违法风险。因为劳动者的休息权、健康权是合法、正当的权益，用人单位不得违法违规要求劳动者无条件接受加班。
从实际情况角度
生产制造业企业可能因为生产任务等原因需要安排工人加班，但工人也有自己的生活和个人权益。如果工人三次拒绝周六日加班，企业需要综合考虑多方面因素，例如拒绝加班的原因、是否对生产造成了严重影响等。
如果工人拒绝加班是因为合理的个人原因，如身体不适、家庭紧急情况等，并且没有对生产造成严重影响，那么企业将其认定为严重违纪是不合理的。但如果工人拒绝加班是出于恶意，并且对生产造成了严重影响，企业可能会根据规章制度进行相应的处理，但处理也需要符合法律规定。
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