公司更名后，仍然可以进行仲裁，仲裁时应填写公司更名后的名称。以下是对这一问题的详细解答：

1. 仲裁协议的效力：

   • 公司更名并不影响仲裁协议的效力。只要仲裁协议中明确约定了仲裁事项、仲裁机构等内容，且不存在导致仲裁协议无效的法定情形（如欺诈、胁迫等），那么该仲裁协议依然有效。

2. 仲裁申请材料的准备：

   • 在准备仲裁申请材料时，应详细阐述仲裁请求、事实与理由等，并提交证明双方存在纠纷及自身主张的相关证据材料，如合同、往来文件、凭证等。
   • 特别需要注意的是，在仲裁申请书中应填写公司更名后的名称，并附上公司更名的相关证明文件（如工商变更登记证明），以证明仲裁申请的对方主体是正确的。

3. 仲裁机构的提交：

   • 将仲裁申请及相关材料按照仲裁机构的要求和规定的方式，向有管辖权的仲裁机构提交。仲裁机构在受理案件后，会按照既定程序安排仲裁庭组成等事宜。

4. 仲裁过程中的注意事项：

   • 在仲裁过程中，双方需按照仲裁规则进行陈述、举证、质证等活动。仲裁庭会依据事实和法律作出裁决。
   • 如果对仲裁结果不服，需审查仲裁程序是否存在违法违规之处，如仲裁员是否有应回避未回避等情形。若存在法定可撤销仲裁裁决的情形，可在规定期限内向有管辖权的法院申请撤销仲裁裁决；若不存在此类情形，则应按照仲裁裁决履行相应义务。

综上所述，公司更名后并不影响仲裁程序的进行，只需在仲裁申请书中填写公司更名后的名称，并附上相关证明文件即可。如果您在仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。