和子公司签订合同，合同款由母公司付是可以的，但需遵循一定条件与注意事项。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面分析
子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。从法律角度看，子公司签订的合同，原则上应由子公司自身履行付款义务。然而，在实际商业操作中，如果母公司与子公司之间存在特殊约定，或者母公司出于某种商业考虑愿意代子公司支付合同款，法律并不禁止。但这种代付行为应基于母子公司之间的真实意愿，并且最好在合同中有所体现或通过其他书面形式进行确认，以避免后续可能产生的纠纷。
二、合同约定层面
- 合同明确约定：如果在和子公司签订的合同中，明确约定了合同款由母公司支付，那么这种约定是具有法律效力的。母公司应按照合同约定履行付款义务，否则将构成违约。例如，合同中可以写明“本合同款项由甲方（子公司）的母公司——乙方母公司负责支付，支付方式为……，支付时间为……”。
- 合同未明确约定：若合同中未明确约定付款主体为母公司，一般情况下应由子公司履行付款义务。但此时，母公司若愿意代子公司支付，可与子公司、合同相对方三方协商一致，签订补充协议，明确母公司代付的具体事宜，包括代付金额、代付时间、代付后的权利义务等。
三、实际操作建议
- 签订补充协议：为了确保代付行为的合法性和有效性，避免后续争议，建议母公司、子公司与合同相对方签订一份补充协议。在补充协议中，明确约定母公司代子公司支付合同款的相关事项，如代付金额、代付时间、代付后的发票开具、各方权利义务等。
- 保留付款凭证：母公司在代子公司支付合同款时，务必妥善保留相关的付款凭证，如银行转账记录、发票等。这些凭证是证明母公司已履行付款义务的重要证据，在后续可能出现的纠纷中具有关键作用。
- 关注税务问题：母公司代子公司支付合同款可能涉及税务问题，例如是否构成关联交易、是否需要按照规定进行税务申报等。建议母公司在代付前，咨询专业的税务人员，确保代付行为符合税务法规的要求。
总之，和子公司签订合同，合同款由母公司付在法律上是可行的，但需要遵循一定的条件和程序。如果你在实际操作中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。