关于31天工作周期请假2天，发28天工资是否合法的问题，需分情况讨论：

1. 若该31天为完整的一个工资支付周期（如自然月或公司特定工资结算周期）：

   • 在此情况下，员工实际出勤天数为29天（31天-2天请假），而公司仅发放28天的工资，这显然是不合法的。因为员工已经按照公司要求或法律规定提供了相应天数的劳动，公司应当按照实际出勤天数支付工资。如果公司规章制度或劳动合同中有关于请假扣工资的明确规定，且该规定不违反法律法规，那么请假期间可以按照规定扣发工资，但扣发的金额应当合理，且扣发后剩余的工资仍应与实际出勤天数相对应。在此案例中，仅发放28天工资而员工实际出勤29天，显然不符合这一要求。

2. 若该31天并非完整的一个工资支付周期，而是包含在更长的工资支付周期内（如跨月或季度）：

   • 在这种情况下，判断工资发放是否合法需要综合考虑整个工资支付周期内的出勤情况、请假情况以及公司的工资支付制度。如果公司在整个工资支付周期内，根据员工的实际出勤天数和请假情况，合理计算并支付了工资，那么即使在其中某一个月（或31天周期）内，员工请假导致工资发放天数少于实际出勤天数（但考虑整个周期后是合理的），也不构成违法。然而，就用户所描述的“31天请假2天，发28天工资”这一具体情况而言，若未考虑整个周期的其他出勤情况，仅就这一段31天而言，发放28天工资仍是不合法的，除非有其他合理依据（如公司制度明确规定且符合法律法规）。

法律建议：

• 员工应首先查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解关于工资支付、请假扣工资的具体规定。
• 如果认为公司的工资发放存在违法行为，可以先与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通协商，要求公司按照法律规定和合同约定支付工资。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。

总结：在一般情况下，员工请假2天后，公司应当按照实际出勤天数支付工资。若公司仅发放28天工资而员工实际出勤天数更多（如29天），则这种做法通常是不合法的。员工有权要求公司按照法律规定支付工资，并可以通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。