员工违规后积极补偿损失，被公司停职调查在特定情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司通常会在规章制度或劳动合同中明确员工违规后的处理流程，包括停职调查的相关规定。
   • 如果规章制度或劳动合同中明确规定了员工违规后可以采取停职调查的措施，并且该规定不违反法律法规，那么公司按照此规定进行停职调查是合法的。

2. 员工违规行为的严重性：

   • 员工违规行为的性质、情节和后果是决定是否停职调查的重要因素。
   • 如果员工的违规行为严重，可能对公司造成重大损失或影响公司声誉，公司为了查明事实、防止损失扩大或保护其他员工利益，有权采取停职调查的措施。

3. 积极补偿损失的影响：

   • 员工积极补偿损失表明其认识到错误的严重性，并试图通过实际行动来弥补过错。
   • 然而，积极补偿损失并不能完全消除员工违规行为所带来的负面影响，也不能作为公司不进行停职调查的理由。
   • 公司仍然需要根据规章制度、劳动合同以及违规行为的严重性来决定是否进行停职调查。

4. 法律程序与权益保障：

   • 在停职调查期间，公司应遵守相关法律法规，确保调查程序的合法性、公正性和透明度。
   • 员工也有权了解调查进展、提出申辩意见，并依法维护自己的合法权益。

综上所述，员工违规后积极补偿损失，被公司停职调查在特定情况下是合法的，但具体是否合法还需根据公司的规章制度、劳动合同、员工违规行为的严重性以及法律程序与权益保障等因素来综合判断。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。