员工违反公司规定被停工是否合理，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且员工行为构成严重违反：
- 合理性分析：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。虽然直接解除劳动合同与停工在性质上有所不同，但停工可以视为公司对员工违规行为的一种管理措施，前提是该规章制度已经民主程序制定，不违反法律、行政法规及政策规定，且已向劳动者公示。若员工行为确实严重违反了这些合法有效的规章制度，公司对其停工以进行调查或作为纪律处分的一部分，是合理的。
- 建议：公司应确保规章制度的合法性，并在停工前与员工进行沟通，明确停工的原因、期限及后续处理措施，以保障员工的知情权。
若公司规章制度不合法或员工行为不构成严重违反：
- 不合理性分析：如果公司的规章制度未经民主程序制定，或者违反了法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度对员工不具有约束力。在此情况下，即使员工有违规行为，但若该行为并不构成严重违反规章制度，公司对其停工就可能缺乏法律依据，构成不合理的管理行为。
- 法律后果：员工有权要求公司恢复其工作，并可能因公司的违法行为而要求赔偿损失。若公司因此解除劳动合同，员工还有权要求支付经济补偿金或赔偿金。
- 建议：公司应审查并完善规章制度，确保其合法性。在处理员工违规行为时，应遵循公平、公正、合理的原则，避免过度处罚。
停工期间的工资支付问题：
- 法律规定：根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。若停工超过一个工资支付周期，且劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
- 特殊情况：若停工是由于员工严重违反规章制度导致的，且公司规章制度中有明确规定，那么公司可能无需支付停工期间的工资。但这一规定必须合法且已向员工公示。
- 建议：公司在停工前应明确停工的原因、期限及工资支付情况，并与员工进行沟通。若停工期间需支付工资，公司应按时足额支付；若无需支付，也应在规章制度中明确规定，并向员工说明。
总结与提醒：员工违反公司规定被停工是否合理，取决于公司规章制度的合法性、员工行为的严重性以及停工期间的工资支付情况。公司在处理此类问题时，应确保规章制度的合法性，遵循公平、公正、合理的原则，并与员工进行充分沟通。若您在此方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。