公司曾经拖欠工资后来补发了，员工仍然可以提出辞职。下面我为您详细解释：
法律依据：
- 根据《劳动合同法》，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者有权解除劳动合同。即使后来补发了工资，但此前拖欠工资的行为已经构成了对劳动者权益的侵害，劳动者的解除权基于用人单位曾经的违法行为而产生。
经济补偿：
- 劳动者在因拖欠工资而提出离职时，还可以要求用人单位支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
离职程序：
- 劳动者提出离职时，应依法履行通知义务，比如提前三十日以书面形式通知用人单位，这样既能合法维权，又能合规离职。
证据收集：
- 在提出离职并主张经济补偿前，劳动者应注意收集相关证据，如工资发放记录、考勤记录、与用人单位沟通工资问题的聊天记录或邮件等，以证明用人单位确实存在过拖欠工资的事实。
综上所述，公司曾经拖欠工资后来补发了，员工仍然有权提出辞职，并且可以要求用人单位支付经济补偿。在离职过程中，应依法履行通知义务，并注意收集相关证据以维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。