结论前置：夜班加班2.5小时按2小时算，这一做法的合理性取决于具体的劳动合同约定、公司规章制度以及劳动法规的规定。一般来说，如果没有特殊约定或规定，这种计算方式可能不合理，因为它可能侵犯了劳动者的合法权益。
详细分析：
劳动合同约定：首先，要查看劳动合同中是否有关于加班时间计算的约定。如果劳动合同中明确规定了加班时间的计算方式，并且该方式不违反劳动法规，那么公司按照约定执行是合理的。但如果劳动合同中没有相关规定，或者规定与劳动法规相冲突，那么公司的做法就可能存在问题。
公司规章制度：其次，要考察公司是否有相关的规章制度来规范加班时间的计算。这些规章制度应该经过民主程序制定，并向劳动者公示。如果规章制度中有关于加班时间计算的合理规定，并且与劳动合同和劳动法规不冲突，那么公司可以依据规章制度来执行。
劳动法规规定：最后，要参考劳动法规的相关规定。根据《劳动法》和《劳动合同法》等法律法规，劳动者的工作时间和加班时间都应该得到合理保障。如果公司的加班时间计算方式违反了劳动法规，比如将实际加班时间缩短计算，那么这种做法就是不合法的。
综上所述，夜班加班2.5小时按2小时算是否合理，需要综合考虑劳动合同约定、公司规章制度以及劳动法规的规定。如果公司的做法违反了其中任何一项规定，那么劳动者都有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。因此，建议劳动者在遇到类似问题时，先查看自己的劳动合同和公司规章制度，再对照劳动法规进行判断，必要时可以寻求专业律师的帮助。