辞职了工资被克扣，可以直接申请劳动仲裁。不过，如果已经和用人单位终止了劳动关系，申请劳动仲裁的时间不能超过一年。下面我会详细解释相关的法律规定和申请劳动仲裁的具体流程。

法律依据

根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若劳动关系已经终止，则应当自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。

申请劳动仲裁前的准备

在申请劳动仲裁之前，你可以尝试与用人单位进行协商，或者向有关部门投诉，这些行为可以中断仲裁时效。同时，你需要准备一些关键证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明用人单位存在克扣工资的行为。

申请劳动仲裁的流程

1. 提交申请：向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
2. 等待受理：仲裁委员会将在收到申请后的一定时间内决定是否受理你的申请。
3. 开庭审理：如果申请被受理，仲裁委员会将安排开庭审理，届时你需要出庭陈述自己的主张，并提供证据支持。
4. 裁决结果：仲裁委员会将根据审理情况作出裁决结果，如果裁决支持你的主张，用人单位需要按照裁决结果履行支付义务。

注意事项

• 在申请劳动仲裁时，请确保你的申请请求明确、具体，并附上充分的证据支持。
• 如果仲裁裁决结果不支持你的主张，你可以考虑向法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，请保持冷静、理性，避免与用人单位发生不必要的冲突。

总之，如果你辞职了工资被克扣，可以直接申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，请务必遵循相关法律规定，并准备好充分的证据支持你的主张。