克扣工资补发了，您仍然有权申请劳动仲裁，但需根据具体情况判断是否在仲裁时效内。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般仲裁时效
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在克扣工资的情况下，如果您在发现工资被克扣后的一年内未申请仲裁，但之后工资被补发，这并不意味着您失去了申请仲裁的权利，只是您需要确保在补发工资前或补发后的合理时间内（仍需在一年的仲裁时效内，除非有时效中断或中止的情形），向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，以维护自己的合法权益。不过，若补发工资时您已经超过了原本的仲裁时效起算点（即知道或应当知道权利被侵害之日起一年），且没有时效中断或中止的情形，那么此时申请仲裁可能会面临时效已过的风险。但关键在于，只要您在仲裁时效期间内（考虑中断、中止情况后）提出申请，即使工资已经补发，您仍可以就克扣工资的行为申请仲裁，以确认用人单位的违法行为并可能获得其他相关赔偿或补偿（如因克扣工资导致的额外损失等，具体需根据案情判断）。
二、仲裁时效的中断与中止
中断：如果您在发现工资被克扣后，直接向用人单位提出了支付克扣工资的要求，或者向劳动监察部门投诉、向劳动争议调解委员会申请调解等，寻求权利救济，或者用人单位明确表示同意补发克扣的工资，这些情况都会导致仲裁时效中断，并重新计算一年的仲裁时效期间。因此，即使工资已经补发，只要您在中断后的新时效期间内申请仲裁，仍然是有效的。
中止：如果因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如突发重大疾病等），导致您无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效将中止。待这些原因消除后，仲裁时效将继续计算。这意味着，如果您因特殊原因无法及时申请仲裁，且这些原因符合中止的条件，那么您仍然有权在原因消除后的一段时间内申请仲裁。
三、劳动关系存续期间的特殊规定
对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括克扣工资）发生的争议，劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制。这意味着，只要劳动关系尚未终止，您可以随时就克扣工资问题提起仲裁申请，无论工资是否已经补发。然而，一旦劳动关系解除或终止，您则需要在劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。
四、实际操作建议
保留证据：在申请仲裁前，务必保留好所有与工资有关的证据和资料，如工资条、银行流水、劳动合同、与用人单位沟通克扣工资问题的记录（如书面函件、电子邮件、聊天记录等）等。这些证据将为您的仲裁申请提供有力支持。
及时行动：尽管在劳动关系存续期间不受一年仲裁时效的限制，但为了避免不必要的麻烦和延误，一旦发现工资被克扣，应尽快采取行动，与用人单位沟通或寻求法律援助。如果工资已经补发，但您认为用人单位的行为仍然侵犯了您的合法权益，也应及时咨询专业律师并考虑申请仲裁。
查询当地规定：虽然一般仲裁时效为一年，但不同地区的法律法规可能有所差异。因此，建议您在申请仲裁前，先查询您所在地的相关法律规定，或直接咨询当地的劳动监察部门或像我这样的专业律师，以确认具体时间限制和其他相关要求。
综上所述，克扣工资补发了并不意味着您失去了申请仲裁的权利。只要您在仲裁时效期间内（考虑中断、中止情况后）提出申请，并保留好相关证据，您仍然有权就克扣工资的行为申请仲裁以维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。