老板克扣工资时，员工不可以直接停工并申请仲裁，但可以通过合法途径维护自身权益，包括申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、停工行为的合法性
停工可能构成违约：员工与用人单位之间存在劳动合同关系，员工有义务按照合同约定提供劳动。如果员工未经用人单位同意擅自停工，可能构成违约行为，用人单位有权依据劳动合同和相关法律法规追究员工的违约责任。
停工可能影响权益主张：在劳动争议中，员工的停工行为可能被视为对用人单位管理权的挑战，甚至可能被认定为“罢工”或“集体停工”等违法行为，从而影响员工在后续劳动仲裁或诉讼中的权益主张。
二、合法维权途径
与用人单位协商：当员工发现工资被克扣时，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位补发工资并说明克扣原因。如果协商成功，可以避免进一步的法律纠纷。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并要求用人单位补发工资和支付赔偿金。
申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，员工需要提交相关证据材料，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明用人单位存在克扣工资的行为。劳动仲裁委员会将依法进行裁决，并要求用人单位履行裁决结果。
三、申请劳动仲裁的注意事项
及时申请：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工在发现工资被克扣后，应及时申请劳动仲裁，以免超过时效期间而丧失维权机会。
准备充分证据：在申请劳动仲裁时，员工需要准备充分的证据材料来证明用人单位存在克扣工资的行为。这些证据材料可以包括工资条、银行转账记录、劳动合同、与用人单位的沟通记录等。证据材料越充分，员工在仲裁中的胜诉几率就越大。
遵循仲裁程序：在申请劳动仲裁后，员工需要遵循仲裁程序进行审理和裁决。这包括参加仲裁庭的审理、提交证据材料、进行辩论等。员工应积极配合仲裁委员会的工作，以确保仲裁程序的顺利进行。
建议：在面对老板克扣工资的情况时，员工应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到保障，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。