国企员工厕所吸烟扣绩效2000元是否合法，需根据具体情况分析。

首先，我们要明确的是，国有企业有权根据自身的规章制度对员工进行管理，包括设定绩效考核标准和相应的奖惩措施。然而，这种管理权力的行使必须遵守国家法律法规，不能侵犯员工的合法权益。

1. 合法性的判断依据：

   • 规章制度是否合法：国有企业的规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能违反劳动法、劳动合同法等相关法律法规。如果规章制度中规定了吸烟扣绩效的条款，且该条款不违反法律法规，那么企业有权依据此条款进行扣罚。
   • 扣罚是否合理：即使规章制度中有相关规定，扣罚的数额和方式也必须合理。扣罚数额过大或扣罚方式不当，都可能构成对员工合法权益的侵犯。

2. 具体情境分析：

   • 如果国企的规章制度中明确规定了厕所吸烟属于违规行为，并设定了相应的扣绩效标准，且该规定不违反法律法规，那么企业依据此规定扣罚员工2000元绩效可能是合法的。
   • 但如果规章制度中没有相关规定，或者扣罚数额明显过高，超出了员工违规行为的严重程度，那么这种扣罚就可能构成对员工合法权益的侵犯，员工有权提出异议并寻求法律救济。

3. 法律建议：

   • 对于员工而言，如果认为扣罚不合理，可以先与企业进行沟通协商，尝试解决问题。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 对于企业而言，在制定规章制度和进行员工管理时，必须严格遵守国家法律法规，确保规章制度的合法性和合理性。同时，也要注重与员工的沟通协商，避免引发不必要的劳动纠纷。

综上所述，国企员工厕所吸烟扣绩效2000元是否合法，需要根据具体情况进行分析判断。如果扣罚依据合法且合理，那么这种扣罚可能是合法的；如果扣罚依据不合法或不合理，那么员工有权提出异议并寻求法律救济。