结论：员工在卫生间抽烟被罚200元是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效且明确规定了此类罚款，以及罚款是否合理。
分析如下：
公司规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司规章制度中明确规定了禁止在卫生间抽烟，并规定了相应的罚款措施，且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知了员工，那么该规章制度是合法的。
罚款的合理性：
- 即便公司规章制度合法，罚款的数额也需要合理。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然这一条款直接针对的是经济损失赔偿，但罚款作为对员工违规行为的惩戒，其数额也应遵循合理原则，不应过高。
- 在没有造成实际经济损失的情况下，公司对员工的罚款应更为谨慎。200元的罚款对于某些员工来说可能并不算高，但如果对于低收入员工来说，可能构成较大的经济负担。因此，罚款的合理性需要结合员工的工资水平、违规行为的性质以及公司的整体管理策略来综合判断。
实际操作中的建议：
- 对于公司而言，如果希望对员工在卫生间抽烟等违规行为进行惩戒，除了罚款外，还可以考虑其他措施，如口头警告、书面警告、记过、降职等。这些措施同样可以起到警示作用，且可能更易于被员工接受。
- 对于员工而言，如果认为公司的罚款措施不合理或违法，可以向公司提出异议，或者向劳动监察部门投诉。在维护自身权益的同时，也应遵守公司的规章制度，共同营造良好的工作环境。
总结：员工在卫生间抽烟被罚200元是否合法，需根据公司的规章制度是否合法有效且明确规定了此类罚款，以及罚款是否合理来判断。如果公司规章制度合法且罚款合理，那么该罚款是合法的；反之，则可能构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。