结论：公司对员工在公司内吸烟罚款200元是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 公司无罚款权的一般原则
   根据《行政处罚法》第十七条，只有行政机关（如政府职能部门）经法律、法规授权后，才享有行政处罚权（如罚款）。企业作为民事主体，不具备行政处罚权，因此无权直接对员工处以罚款。若公司以内部规章制度规定“吸烟罚款200元”，该条款因缺乏法律依据而无效，员工可拒绝缴纳。

2. 例外情形：劳动合同或规章制度合法约定下的“扣减工资”
   若公司通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定《员工手册》，明确将“吸烟”列为严重违反规章制度的行为，并规定扣减绩效工资或奖金（而非“罚款”），且扣减金额不超过当月工资的20%、扣除后工资不低于当地最低工资标准，则可能被认定为合法。
   关键点：

   • 扣减的必须是“工资”中的非基本部分（如绩效、奖金），而非直接罚款；
     
   • 规章制度需经民主程序制定并公示，员工需签字确认；
     
   • 扣减金额需符合《工资支付暂行规定》第十六条的限制。

3. 地方性法规的特殊规定
   部分地区（如深圳）的《控制吸烟条例》授权用人单位对违反禁烟规定的员工进行内部处理，但未明确允许“罚款”。若地方性法规允许企业通过内部制度约束吸烟行为（如警告、扣减福利等），则公司可依据该规定制定合法措施，但仍需避免直接使用“罚款”表述。

建议：

• 若公司以“罚款”名义扣款，员工可要求公司出具书面依据，并指出其无行政处罚权；
  
• 若公司通过合法程序制定规章制度并明确为“扣减工资”，员工需核对扣减金额是否合法；
  
• 双方可协商解决，或向劳动监察部门投诉（如公司行为违法）。
  

如有进一步细节（如公司规章制度内容、扣款方式等），可直接向我咨询，我将结合具体情形分析。