关于您提出的“不同部门合并怎么办”的问题，这是一个涉及组织管理和法律权益的综合性问题。以下是我从法律角度为您提供的详细解答：

一、部门合并的法律背景与应对

部门合并，通常是在企业经营或组织架构调整中，将两个或多个部门整合为一个新部门的过程。根据《中华人民共和国民法典》第六十七条，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。这一规定同样适用于企业内部的部门合并，意味着合并后的新部门将承担原各部门的权利和义务。

在应对部门合并时，建议您关注以下几个方面：

1. 保持沟通畅通：及时与相关部门和人员沟通，了解合并的目的、计划和进展，确保信息对称，避免误解和混乱。
2. 明确职责和权限：合并后，要清晰界定新部门中各部门和人员的职责与权限，避免职责重叠或空白，以提高工作效率。
3. 团队建设：组织团队建设活动，促进新团队的融合，加强员工之间的交流与合作，提高团队凝聚力。
4. 调整工作流程：根据合并后的情况，对工作流程进行优化和调整，去除繁琐的环节，提高工作的流畅性。
5. 关注员工情绪：合并可能会给员工带来不安和焦虑，要关注员工的情绪变化，提供必要的支持和帮助，稳定员工队伍。

二、部门合并中的法律权益保护

在部门合并过程中，员工的权益保护是一个重要问题。特别是当合并导致员工岗位变动或转岗不成功时，员工有权根据劳动合同和相关法律法规维护自己的权益。

1. 转岗不成功的赔偿：

   • 若公司与员工在劳动合同中明确约定了转岗相关条款，且公司未按照约定履行转岗义务，导致转岗不成功，公司应承担违约责任，员工可要求公司支付违约金、赔偿金等。
   • 若公司未与员工在劳动合同中约定转岗相关条款，或虽有约定但不明确，公司在部门合并后未经员工同意擅自调整岗位，导致转岗不成功，公司应与员工协商解决。协商不成时，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。经济补偿金的计算标准为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿金。

2. 违法违规转岗的赔偿：

   • 如果公司的转岗行为存在违法违规行为，如歧视性转岗、恶意转岗等，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。

三、结论与建议

综上所述，部门合并是一个复杂的组织调整过程，需要综合考虑法律、管理、员工权益等多个方面。在合并过程中，建议您保持沟通畅通、明确职责权限、加强团队建设、调整工作流程，并特别关注员工的权益保护。如遇转岗不成功或违法违规转岗等情况，员工应依法维护自己的权益，必要时可寻求法律帮助。

希望以上解答能对您有所帮助。如您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。