对于您提出的关于员工工作2年后，在第三年未满1整年时辞职，其年休假应如何计算的问题，以下是根据相关法律法规进行的详细解答：

首先，我们需要明确年休假的基本条件与累计工作年限的计算方式。根据《职工带薪年休假条例》，职工连续工作满12个月以上的，即可享受带薪年休假。而累计工作年限是决定年休假天数的基础，具体为：累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；已满10年不满20年的，年休假为10天；已满20年的，年休假为15天。

接下来，针对您的情况，员工已经工作了2年，因此其累计工作年限已超过1年但不满10年，所以原本应享有的年休假天数为5天。然而，由于员工在第三年未满1整年时辞职，我们需要对其当年度的年休假天数进行折算。

折算方法为：根据员工在本单位剩余日历天数与365天的比例，乘以其全年应当享受的年休假天数。即（当年度在本单位剩余日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数。需要注意的是，折算后不足1整天的部分不享受年休假。

此外，如果员工在离职时仍有未休的年休假，用人单位需要按照员工当年已工作时间折算应休未休年休假天数，并支付未休年休假工资报酬。计算方式为：员工本人的月工资除以月计薪天数（通常为21.75天），再乘以应休未休年休假天数，并乘以200%（因为包含正常工作期间的工资收入及法定补偿）。

综上所述，对于您提到的员工，其离职时的年休假计算应依据其实际工作时间、累计工作年限以及用人单位的具体规定来确定。同时，如果员工有未休的年休假，用人单位需要按照相关规定支付相应的经济补偿。