关于用人单位不配合申请伤残职工后期治疗费的问题，首先我要明确的是，用人单位有义务配合伤残职工进行后期治疗，并承担相应的费用。如果用人单位不配合，职工可以采取一系列措施来维护自己的合法权益。

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
   • 同时，用人单位应当参加工伤保险，为职工缴纳工伤保险费，确保职工在发生工伤时能够得到及时的医疗救治和经济补偿。

2. 用人单位不配合时的处理措施：

   • 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，明确表达自己的需求和依据的法律法规，争取用人单位的理解和配合。
   • 向工伤保险机构申请：如果用人单位不配合，职工可以直接向工伤保险机构提出申请，要求支付后期治疗费用。工伤保险机构会根据相关规定进行审核，并作出是否支付的决定。
   • 提起劳动争议仲裁或诉讼：如果协商和申请均无果，职工可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，或者向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担后期治疗费用及相应的法律责任。

3. 建议：

   • 在处理此类问题时，职工应保留好所有相关的医疗记录、费用票据等证据材料，以便在协商、申请或诉讼过程中使用。
   • 如果职工对相关法律法规不熟悉，或者处理过程中遇到困难，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到有效维护。

总之，用人单位不配合申请伤残职工后期治疗费是违法的，职工有权采取多种措施来维护自己的合法权益。如果在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。