工伤认定被行政诉讼推翻了，单位一般不可以要回已经支付的医疗费。下面我对此进行详细分析：

一. 工伤认定与医疗费支付的关系

1. 工伤认定的法律效力：工伤认定是劳动者是否享受工伤保险待遇的前提。一旦工伤被认定，劳动者就有权享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用的报销。
2. 医疗费支付的责任：在工伤认定有效期间，单位按照法律规定支付了医疗费用，这是履行其法定义务的表现。

二. 工伤认定被推翻后的法律后果

1. 工伤认定的失效：如果工伤认定被行政诉讼推翻，那么原工伤认定的法律效力将不复存在，劳动者将不再享受基于该工伤认定的工伤保险待遇。
2. 医疗费用的处理：虽然工伤认定被推翻，但单位在工伤认定有效期间支付的医疗费用，是基于当时的法律事实和规定而支付的，一般情况下，单位无权要求劳动者返还。

三. 特殊情况的考虑

• 如果存在欺诈、伪造证据等违法行为导致工伤认定被推翻，单位可能会通过法律途径追究相关责任人的法律责任，包括要求返还已支付的医疗费用。但这需要具体的法律程序和证据支持。

综上所述，工伤认定被行政诉讼推翻了，单位一般不可以要回已经支付的医疗费。因为这部分费用是在工伤认定有效期间，单位按照法律规定支付的，即使工伤认定后来被推翻，也不影响已经支付费用的合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。