用人单位在工伤案件中向劳动者支付了医疗费后，一般情况下不能直接向工伤部门要回，但存在特定情形时可能可以追偿。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处理原则
在工伤案件中，如果用人单位已经依法为劳动者缴纳了工伤保险，那么根据《工伤保险条例》的相关规定，劳动者的医疗费用等工伤保险待遇应由工伤保险基金支付。此时，如果用人单位先行支付了医疗费用，这通常被视为用人单位对劳动者的临时救助或垫付，并不意味着用人单位可以直接从工伤保险基金中要回这部分费用。因为工伤保险基金的支付是基于法定的工伤保险关系，与用人单位的先行支付行为无直接关联。
二、特定情形下的追偿可能性
尽管在一般情况下用人单位不能直接向工伤部门要回已支付的医疗费用，但在某些特定情形下，用人单位可能享有追偿权：
第三方侵权导致的工伤：
- 如果工伤是由第三方侵权造成的，例如交通事故、工作场所的第三方伤害等，那么用人单位在支付医疗费用后，有权向第三方追偿。这是因为第三方的侵权行为是导致工伤的直接原因，第三方应承担相应的赔偿责任。
- 在此情况下，用人单位可以先行支付医疗费用，然后通过法律途径向第三方追偿，包括要求第三方赔偿已支付的医疗费用。
用人单位未依法缴纳工伤保险：
- 如果用人单位未依法为劳动者缴纳工伤保险，导致劳动者无法从工伤保险基金中获得医疗费用等工伤保险待遇，那么用人单位应承担全部的赔偿责任。
- 在此情况下，如果用人单位已经支付了医疗费用，这实际上是其应履行的法定义务，不存在向工伤部门追偿的问题。但如果后续用人单位补缴了工伤保险，对于已发生的工伤费用，工伤保险基金通常不会进行追溯支付，用人单位也无法因此获得追偿。不过，若因未缴保险导致劳动者损失扩大（如后续治疗费用），用人单位仍需承担相应责任。
工伤保险基金与用人单位的协议或规定：
- 在某些特殊情况下，工伤保险基金与用人单位之间可能存在特定的协议或规定，允许用人单位在特定条件下向工伤保险基金追偿已支付的医疗费用。但这种情况较为罕见，且需要符合严格的条件和程序。
三、法律建议与操作指南
- 对于用人单位：在发生工伤事故后，应首先确认是否已依法为劳动者缴纳工伤保险。如果已缴纳，应及时向工伤保险部门申报工伤，并协助劳动者办理工伤保险待遇的申领手续。如果未缴纳，应尽快补缴，并承担相应的赔偿责任。在支付医疗费用时，应保留好相关凭证，以便在需要时进行追偿或作为证据使用。
- 对于追偿操作：如果用人单位认为存在追偿的可能性，如第三方侵权导致的工伤，应及时咨询专业律师，了解追偿的法律程序和要求。在追偿过程中，应提供充分的证据证明第三方的侵权行为和用人单位的支付情况，以便顺利获得追偿。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。