对于上班期间突发疾病超过48小时死亡且申请工伤不被认可的情况，赔偿问题确实比较复杂，需要根据多个方面来综合考虑。以下是对此问题的详细解答：
一、基本结论
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作岗位突发疾病，并在48小时内经抢救无效死亡的，才能视同工伤。因此，如果疾病发作后超过48小时才死亡，一般情况下是不能被认定为工伤的。但这并不意味着没有其他赔偿途径。
二、非工伤情况下的赔偿途径
基本医疗保险报销：
- 如果职工参加了基本医疗保险，那么因疾病治疗期间产生的符合医保报销目录的医疗费用，可以通过基本医疗保险进行报销。报销比例和范围会根据当地医保政策来确定。
单位福利待遇：
- 病假工资：根据职工在本单位的工作年限和患病时间，用人单位应支付相应的病假工资。
- 其他福利：如果单位有补充商业保险、疾病救助金等福利政策，职工或其家属也可以获得相应的经济补偿。
民事赔偿（如适用）：
- 如果职工的突发疾病是由第三方侵权行为导致的，比如工作场所的环境污染或他人故意伤害，那么职工或其家属可以向第三方追究民事赔偿责任，要求赔偿医疗费、护理费、误工费、死亡赔偿金等损失。
单位过错责任：
- 如果单位存在未提供必要劳动保护等过错，且这些过错与职工的死亡有因果关系，那么单位可能需要承担过错赔偿责任，包括丧葬费、死亡赔偿金等。
三、特殊情况下的工伤认定及赔偿
虽然一般情况下超过48小时死亡不能认定为工伤，但在某些特殊情况下，如果能提供充分证据证明死亡与工作存在紧密因果关系，仍有可能争取到视同工伤的认定。例如：
- 长期高强度工作导致身体过度疲劳进而诱发疾病最终死亡，且有医疗诊断、工作时间记录、同事证言等证据支持。
- 职工在48小时内已经处于脑死亡或植物人状态，且这种状态与工作时间突发疾病有直接因果关系。
如果成功争取到视同工伤的认定，那么赔偿将按照工伤保险的相关规定进行，包括丧葬补助金、一次性工亡补助金以及供养亲属抚恤金等。
四、建议与措施
- 加强预防：企业和员工都应加强劳动安全卫生管理，提供健康的工作环境，并鼓励员工定期进行健康检查。
- 积极配合调查：在发生此类事件时，企业和员工应积极配合相关部门进行调查和处理。
- 法律咨询：对于具体情况的法律认定和赔偿问题，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，虽然上班期间突发疾病超过48小时死亡一般不能认定为工伤，但仍有多种赔偿途径可供选择。在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并寻求专业法律意见以确保权益得到妥善保障。