确认事实劳动关系的仲裁案件适用调解。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》明确指出，一旦发生劳动争议，当事人可以向调解组织提出申请进行调解，其中的劳动争议就包括了因确认劳动关系发生的争议。调解组织包含企业劳动争议调解委员会以及依法设立的基层人民调解组织等。在调解过程中，必须遵循自愿且合法的原则，一旦经调解达成了协议，双方当事人就应当切实履行该协议。所以，在确认劳动关系的整个流程中，当事人拥有选择调解这一方式来解决争议的权利，调解的适用有利于推动劳动关系朝着和谐稳定的方向发展。
具体来说，在确认事实劳动关系的仲裁案件中，调解可以发挥以下作用：
快速解决争议：通过调解，双方可以在平等、自愿的基础上，通过协商达成一致，快速解决劳动关系确认的争议，避免长时间的仲裁和诉讼过程。
节省时间和成本：相较于正式的仲裁和诉讼程序，调解更加灵活和高效，可以节省当事人的时间和金钱成本。
维护合作关系：调解过程中，双方可以保持沟通和理解，有助于维护双方的合作关系，减少因争议带来的负面影响。
因此，如果你面临确认事实劳动关系的仲裁案件，可以考虑选择调解作为解决争议的方式之一。当然，如果调解不成或者你对调解结果不满意，你仍然有权向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。