员工有违规行为，并不能直接作为不允许其离职的理由。下面我详细为您解释一下：

1. 员工离职的法定权利：

   • 根据劳动法的规定，员工有权依法提出辞职，这是员工的法定权利。员工的离职行为，只要符合法律规定的程序（如提前通知等），通常不受其是否有违规行为的影响。

2. 违规行为的处理：

   • 对于员工的违规行为，用人单位应当依据公司的规章制度和法律法规进行处理。这可能包括警告、罚款、降职、辞退等纪律处分措施。
   • 但是，辞退员工需要符合《劳动合同法》规定的情形，并且用人单位需要有充分的证据证明员工存在违规行为，且相关规章制度是合法有效的。

3. 离职与违规行为的关联：

   • 如果员工的违规行为并未达到严重违反用人单位规章制度的程度，或者并未给用人单位造成重大损害，那么用人单位通常不能仅以此为由拒绝员工的离职申请。
   • 如果员工的违规行为非常严重，且对用人单位造成了重大损害，用人单位在依法追究员工责任的同时，可以考虑通过法律途径阻止其离职，但这需要严格的法律程序和证据支持。

4. 建议：

   • 用人单位在面对员工违规行为时，应当首先依据公司的规章制度和法律法规进行处理，而不是简单地试图通过不允许离职来解决问题。
   • 如果员工提出离职申请，用人单位应当依法审查其离职请求，并在符合法律规定的条件下予以批准。

综上所述，员工有违规行为并不能直接作为不允许其离职的理由。用人单位应当依据公司的规章制度和法律法规来处理员工的违规行为，并依法处理员工的离职申请。如果您在这方面有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。