公司制度中将宫外孕规定为病假是否合法，取决于该规定是否符合国家法律法规。具体分析如下：

1. 法律法规层面：

   • 根据我国《劳动法》和相关规定，病假是指劳动者因患病或者非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。而宫外孕属于一种妇科疾病，如果确实需要停止工作进行治疗，那么从医学和法律的角度来看，应当属于可以休病假的范畴。
   • 公司制度不能违反国家法律法规。如果公司制度中将宫外孕明确列为病假，并且这一规定不违反国家关于病假的相关规定，那么这一规定就是合法的。

2. 公司制度层面：

   • 公司有权根据自身的经营情况和员工需求制定相应的规章制度，但这些制度必须符合国家法律法规的规定。
   • 如果公司制度中将宫外孕规定为病假，并且这一规定在员工入职时就已经明确告知，且不违反国家法律法规，那么员工在宫外孕时就有权按照公司制度休病假。

3. 实际操作层面：

   • 员工在休病假时，需要提供相应的医疗证明，以证明其确实需要停止工作进行治疗。
   • 公司也应当根据员工的实际情况，合理安排病假期间的工作和待遇问题。

综上所述，公司制度中将宫外孕规定为病假是否合法，关键在于这一规定是否符合国家法律法规的规定。如果符合，那么这一规定就是合法的；如果不符合，那么公司就应当进行相应的调整或修改。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。