员工擅自离岗，老板不能因此不发工资。工资是员工劳动换来的报酬，即便员工擅自离岗，用人单位也不能简单地不发工资，而是应按照劳动合同约定和相关法律规定支付。对于员工擅自离岗的行为，用人单位可以根据自身的规章制度进行处理，比如给予警告、进行罚款等。如果员工擅自离岗给用人单位带来了损失，用人单位可以要求员工赔偿，但这与支付工资是两回事，不能混为一谈。
具体来说：
工资支付义务：根据我国《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，即使员工擅自离岗，只要其提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。
用人单位的处理方式：对于员工擅自离岗的行为，用人单位可以依据公司的规章制度进行相应处理，如警告、罚款等。但这些处理措施并不能免除用人单位支付工资的义务。
损失赔偿与工资支付的关系：如果员工擅自离岗给用人单位造成了损失，用人单位可以要求员工赔偿。然而，这并不能成为用人单位不发工资的理由。损失赔偿和工资支付是两个独立的法律关系，不能相互抵消。
员工的维权途径：如果用人单位因员工擅自离岗而拒绝支付工资，员工可以通过劳动监察投诉、劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
综上所述，员工擅自离岗并不能成为用人单位不发工资的正当理由。用人单位应依法支付员工实际工作期间的工资，并根据公司的规章制度对员工擅自离岗的行为进行相应处理。如果员工擅自离岗给用人单位造成了损失，用人单位可以要求员工赔偿，但这并不能免除其支付工资的义务。