公司更改工时制度，在一定条件下是合法的，但需遵循法定程序和规定。具体来说：
合法性分析：
- 程序合法：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司在制定、修改工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工的讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。之后，还需将修改后的规章制度公示或告知劳动者。
- 内容合理：更改后的工作时间需符合国家法律法规的规定，如每日工作时间不得超过8小时，每周工作时间不得超过44小时（特殊行业除外），且加班应依法支付加班费，并遵守相关的加班限制规定。
特殊情况下的调整：
- 在生产经营需要的情况下，公司可以与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。
不合法的情形及后果：
- 未履行法定程序：如果公司未经职工代表大会或全体职工讨论，擅自更改上班时间，属于违法行为。劳动者有权拒绝执行，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 侵犯劳动者权益：如更改后的工作时间导致劳动者过度劳累，影响身心健康，或未依法支付加班费，均属于违法行为。劳动者可要求公司纠正错误行为，赔偿损失，甚至解除劳动合同并要求经济补偿。
因此，公司在更改工时制度时，必须确保程序合法、内容合理，并充分保障劳动者的权益。如果劳动者对公司的工时制度更改有异议，可以先与公司沟通，了解更改的具体原因和依据，并表达自身关切和诉求。如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。